Конечно, есть. Из того, что можно самому своими руками запустить: dirb, DirBuster, Sublist3r, dirsearch. Разницы между ними не так много, главное какой словарь для перебора использовать.
Из онлайн вариантов могу посоветовать URL Fuzzer или METASCAN, у них словари уже встроенные.
физических папок и файлов на сервере? в общем случае — нет. Потому что легко закрыть доступ к существующим папкам и файлам и сделать виртуальные.
Виртуальные что составляют структуру url — wget и ему подобные.
My<cod/>.net
