зависит от того, как Вы с ним работаете.
1) если нарисовано неизвестно что, то у тэга есть метод .toDataURL() — получить bas64, т.е. можно сохранить то, что сейчас нарисовано в png24 и потом вернуть обратно (можно по таймеру с прозрачностью эту картинку накладывать);
2) можно накладывать друг на друга несколько тегов canvas, если background: transparent — динамику можно показывать на нем;
3) если есть какая-нибудь последовательность команд для «раскраски», то достаточно очистить холст и её воспроивести.
и, судя по «два квадрата по 40 пикселов», Вам подходит третий вариант: запоминайте что и где надо выводить — и никаких проблем.
My<cod/>.net
