Ненавязчивая кастомизация cms с возможностью обновления до новых версий

Есть cms (версии 0.1) которую нужно значительно допилить с возможностью дальнейшего апдейта до новых версий (0.2, 0.3 и т.д.).
То есть нужно так изменить код cms под свои нужды, чтобы потом легко применить свои модификации к новой версии.
Как я это вижу:
1. Положить исходники версии 0.1 в систему контроля версий.
2. Все изменения кода стараться писать в отдельных файлах и подключать их к коду cms как можно более «ненавязчиво» (хуками, модулями, плагинами).
3. Все изменения с БД делать в виде набора транформаций.
При переходе на новую версию, например 0.2 делать diff кода между версией 0.1 и своей кастомной версией на основе 0.1 — получится список изменений, которые нужно применить к новому коду версии 0.2.
В итоге нужно будет накатить все трансформации на БД и применить все полученные изменения к коду.

Может быть проблематичным ручное накатывание изменений в коде, особенно если в версии 0.2 есть существенные изменения.

зы Просьба не пинать за ламерский вопрос — я еще не сталкивался с использованием чужих cms. Нагуглить на эту тему ничего не удалось.